Les micro-organismes dégradent et assimilent certaines substances organiques par sécrétion d'enzymes. La boue biologique est extraite de l'eau par décantation ou flottation.
Elle est constituée essentiellement de bactéries et d'archées et de virus marins adaptés à la vie en condition extrêmes
Un programme international de recherche 1, soutenu par L'union européenne, dénommé DARCLIFE (pour Deep subsurface Archaea:
carbon cycle, life strategies, and role in sedimentary ecosystems) vise-à partir d'Avril 2010 à mieux l'étudier,
boue activée, lagunage, lit bactérien, biofiltre et fosse septique modifier Traitement des composés organiques Le traitement biologique le plus simple consiste à éliminer les composés organiques tels que sucres, graisses, protéines, etc.
Les bactéries responsables de la dégradation des composés organiques sont hétérotrophes. Pour accélérer la dégradation des composés organiques,
Si les réacteurs biologiques permettent un temps de contact suffisant entre les effluents et les bactéries,
puis en nitrate par des bactéries nitrifiantes 2. L'ammoniaque est un poison pour la faune piscicole.
Les bactéries nitrifiantes sont autotrophes (elles fixent elles-mêmes le carbone nécessaire à leur croissance dans le CO 2 de l'air.
qui consiste à l'accumulation de phosphore par des micro-organismes, sous forme de polyphosphate par exemple. Acinetobacter spp. est une bactérie potentiellement responsable de cette accumulation de phosphore
et est désignée sous le nom de PAOS (phosphorous accumulating organisms). L'EBPR est utilisé selon une configuration anaérobie-aérobie,
La compréhension de ce processus biologique doit être poursuivi notamment via des études FISH (Fluorescence in situ hybridization) sur les actinobactéries,
et via des expériences faite en laboratoire à l'aide de bio-réacteurs reconstituant les conditions naturelles de cette accumulation de phosphore à travers des bactéries comme A. phosphatis,
Les bactéries, placées dans des conditions de potentiel redox très bas, surassimilent le phosphore par rapport à leur besoin.
Les bactéries peuvent relarguer le phosphore surassimilé si elles sont placées durablement dans des conditions de redox plus hautes.
Cette étape permet de réduire le nombre de bactéries, donc de germes pathogènes présents dans l'eau traitée.
#Appel de l'OCDE à investir dans le traitement des eaux usées#NH 4->NO 2 par nitrosomonas;
NO 2->NO 3 par nitrobacter.##Procédé courant de désodorisation par l'eau de javel sur les stations urbaines d'épuration des eaux
Une petite partie de ces gaz sont libérés depuis toujours dans l'atmosphère par les volcans et l'activité des bactéries du sol.
Les pluies acides tuent aussi les micro-organismes, ce qui laisse un sol sale, sans nouveaux éléments nutritifs produits.
mais on estime que les bactéries terrestres produisent environ 26 000 t/an d'arsenic méthylé volatil aboutissant à l'océan.
(qui dépend de la composition chimique du sol, du p H, des micro-organismes#).#Mais pour extraire rapidement l'arsenic,
que la bactérie Herminiimonas arsenicoxydans était capable, non seulement de transformer l'arsenic en une forme moins toxique,
Une bactérie pourpre et une cyanobactérie découvertes dans le Lac Mono (lac salé) en Californie peuvent vivre sans consommer d'eau libre,
Une colonie de ces bactéries a pu être cultivée uniquement en présence d'arsénite. Il est possible que des bactéries de ce type ait fait partie des premières bactéries à peupler la Terre primitive 23.
Cette bactérie pourrait être bioindicatrice de sols très pollués par de l'arsenic. modifier Notes et références
#a b c, d et e Entrée de Arsenic dans la base de données de produits chimiques GESTIS de la BGIA (organisme allemand responsable de la sécurité et de la santé au travail)( allemand, anglais), accès le 11 février
et d'une bactérie responsable d'un chancre bactérien du marronnier, maladie mortelle qu'on ne sait pas encore soigner
L'ozone présente une série d'avantages par rapport au chlore mais ne permet pas de détruire tous les micro-organismes présents dans l'eau (comme les parasites cryptosporidium, giardia, toxoplasmose#responsables d'épidémies meurtrières ces dernières années.
en particulier pour rendre digestible par des bactéries la DCO dite dure, pour le traitement de la couleur,
L'eau ozonée est un moyen simple à mettre en oeuvre pour la destruction de biofilms dans des conduites
animal, incluant l'espèce humaine et l'environnement humain et les autres niveaux trophique dont, le fongique, le bactérien et le microbien. certains phénomènes épisodiques de la nature (crises, cycles glaciations/réchauffement climatique, Cycles géologiques, Cycle sylvigénétique
Il est assuré notamment par les champignons et les bactéries; la biodiversité en est une des conditions reconnue d'auto-entretien de ce processus
Vie 2. 2. 1 Origines de la vie et évolution 2. 2. 2 Microbes 2. 2. 3 Plantes 2. 2. 4 Animaux 2
modifier Microbes Cette section est détaillée vide, pas assez ou incomplète. Votre aide est la bienvenue modifier Plantes
animal, incluant l'espèce humaine et l'environnement humain et les autres niveaux trophique dont, le fongique, le bactérien et le microbien. certains phénomènes épisodiques de la nature (crises, cycles glaciations/réchauffement climatique, Cycles géologiques, Cycle sylvigénétique
Il est assuré notamment par les champignons et les bactéries; la biodiversité en est une des conditions reconnue d'auto-entretien de ce processus
Vie 2. 2. 1 Origines de la vie et évolution 2. 2. 2 Microbes 2. 2. 3 Plantes 2. 2. 4 Animaux 2
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et aussi comme un agent antimicrobien qui inhibe la croissance de bactéries dégradant les plumes 28.
Effects of uropygial oil on feather-degrading bacteria, dans Journal of Avian Biology, vol. 34, n o 4, 2003, p. 345-349 résumé.#(
West Nile Virus, Lyme Disease, Influenza A and Enteropathogens, dans Clin Med Res, vol. 1, n o 1, 2003, p. 5#12 résumé.#
ou des bactéries contaminés par du plomb présentent des troubles de la reproduction. Les Cloportes semblent particulièrement résistants au plomb.
et prélever des êtres vivants (végétaux, animaux, voire champignons ou microbes) utiles à l'être humain L'agronomie regroupe, depuis le XIX e siècle, l'ensemble de la connaissance biologique, technique, culturelle, économique et sociale relative à l'agriculture
boeuf aux hormones, poulet aux dioxines, vache folle et maladie de Kreutzfelt-Jakob, contaminations bactériennes d'aliments (fromage par listeria
La tremblante du mouton (la variante ovine de la maladie de la vache folle), la listeria ou la salmonelle ne sont pas des problèmes récents.
En effet, de gros progrès ont été faits en matière d'hygiène et de contrôle bactérien des produits alimentaires. Mais la massification de la fabrication et de la vente des aliments font
que le dioxyde de carbone est produit par la respiration animale et la fermentation microbienne 14 En 1772, le chimiste anglais Joseph Priestley publia un ouvrage intitulé Impregnating Water with Fixed Air dans
ou résultat de la réduction des nitrates par des bactéries spécifiques Sommaire 1 Utilisations 2 Pollution de l'eau par les nitrates 2. 1 Nitrates et eutrophisation 2. 2 Toxicité pour les amphibiens 3 Controverse sur la toxicité des nitrates 4 Références 5
une brutale carence en azote d'un milieu aquatique antérieurement eutrophe ou dystrophe peut mener dans un premier temps à des efflorescences de cyanobactéries
(ou algues bleues) capable d'assimiler directement l'azote de l'atmosphère et de vivre en condition anaérobie
L'effet antibactérien des nitrites acidifiés est vérifié artificiellement pour différentes entérobactéries: salmonelle, escherichia coli, shigella. Effet sur la tension artérielle et pathologies cardio-vasculaires L'augmentation des taux sanguins de s-nitrosothiols les apports alimentaires en nitrates principalement constitués des ingestions de légumes
et d'eau de boisson pourraient exercer une influence sur les fonctions de l'organisme dépendant du monoxyde d'azote.
Les nitrates, sous l'action des bactéries présentes dans le corps humain, se transforment en nitrites (NO 3#NO 2). Ceux-ci oxydent l'hémoglobine du sang
On peut distinguer les contaminants inertes des contaminants biologiques (bactéries, virus, etc. qui peuvent se reproduire,
et à certaines bactéries de synthétiser de la matière organique en exploitant la lumière du soleil.
La photosynthèse se déroule dans les membranes des thylakoïdes, chez les plantes, les algues et les cyanobactéries,
ou dans la membrane plasmique chez les bactéries photosynthétiques. Une conséquence importante est la libération de molécules de dioxygène.
L'expérience cruciale d'Engelmann (1882), où des bactéries servent d'indicateur de la production d'oxygène,
On a retrouvé par exemple des microfossiles d'organismes similaires à des bactéries, vieux de 3, 8 milliards d'années,
Toutes les plantes terrestres et toutes les algues ainsi que certaines bactéries se servent de la photosynthèse La photosynthèse comprend trois phases
certains organismes photosynthétiques (des bactéries) ne produisent pas d'O 2 et le CO 2 n'est pas l'unique source de carbone.
La photosynthèse peut se faire dans les bactéries (chez les cyanobactéries), certains protistes, et dans les chloroplastes des plantes des algues.
le chloroplaste issu de l'endosymbiose d'une cyanobactérie il y a environ un milliard et demi d'années.
de micro-organismes et de la nature morte environnante agissant en interaction en tant qu'unité fonctionnelle On peut parler d'écosystème naturel,
Il peut résulter de décomposition bactérienne de la matière organique dans des environnements pauvres en oxygène.
Des communautés bactériennes dégradant le méthane en condition anaérobie peuvent aussi en produire Sommaire 1 Synthèse 2 Effets sur la santé 3 Une des hypothèses de l'extinction permo-triasique, il y a 250 millions d'années 4 Relation odeur-santé 5 Actualité 6 Notes
de micro-organismes et de la nature morte environnante agissant en interaction en tant qu'unité fonctionnelle On peut parler d'écosystème naturel,
traitement des infections génitales, maladies sexuellement transmissibles y compris le VIH/SIDA; le cancer du sein et les cancers génitaux,
Ils demandent de pouvoir notamment faire la part entre les bons microbes et ceux qui sont pathogènes
les virus et bactéries qui forment la pollution microbienne et sont la source de maladies (grippe, maladie virale, etc...
d'infections et de problèmes de reproduction. Article détaillé: Pollution bactérienne les allergènes tels que la poussière, les pollens, les spores de moisissures, poils d'animaux, sources principales des allergies, de l'asthme et autres difficultés respiratoires Article détaillé:
Allergènes Ces types de pollution domestiques entrainent maladies virales, cancers, infections, difficultés respiratoires et allergies, le traitement de l'air est
donc selon les associations de consommateurs un enjeu sanitaire nécessitant une règlementation nationale à intégrer aux discussions sur le Grenelle 2 pour l'Environnement 8
Les poussières sont le support de nombreux microbes et autres agents pathogènes qui ne peuvent vivre longtemps en suspension dans l'air,
ou certaines bactéries du genre Pseudomonas notamment Selon certains chercheurs de l'Université de Bristol et de l'University College de Londres en Angleterre, l'exposition à une certaine espèce de bactéries présentes dans la poussière agirait sur notre santé mentale.
Ces bactéries (mycobactéries vaccae) ont un effet semblable aux antidépresseurs en stimulant dans le cerveau la production de sérotonine, le neurotransmetteur
qui fait qu 'en cas de manque on plonge en dépression. Ces études menées sur des rongeurs,
et que des bactéries pourront s'y être multipliées si les délais d'analyse sont importants.
Des microbes et les acariens sont présents et parfois abondants dans les poussières, et les allergies qu'elles engendrent sont de plus en plus fréquentes
%Le reste est utilisé pour la croissance et la maintenance des micro-organismes La méthanisation joue un rôle important dans le cycle du carbone
La méthanisation est assurée grâce à l'action concertée de microorganismes appartenant à différentes populations microbiennes en interaction constituant un réseau trophique.
Ensuite, ces substrats sont utilisés lors de l'étape d'acidogenèse par les espèces microbiennes dites acidogènes,
On distingue deux groupes de bactéries acétogènes Les bactéries productrices obligées d'hydrogène, anaérobies strictes, également appelées OHPA (Obligate Hydrogen Producing Acetogens.
Elles sont capables de produire de l'acétate et de l'H 2 à partir des métabolites réduits issus de l'acidogenèse tels que le propionate et le butyrate.
L'accumulation d'hydrogène conduit à l'arrêt de l'acétogenèse par les bactéries OHPA.
Cette élimination peut être réalisée grâce à l'association syntrophique de ces bactéries avec des microorganismes hydrogénotrophes.
Les bactéries acétogènes non syntrophes dont le métabolisme est orienté majoritairement vers la production d'acétate. Elles se développent dans les milieux riches en dioxyde de carbone.
Les bactéries homo-acétogènes font partie de ce groupe elles utilisent l'hydrogène et le dioxyde de carbone pour produire de l'acétate.
Elles ne semblent pas entrer en compétition pour l'hydrogène avec les Archaea méthanogènes hydrogénotrophes
La méthanogenèse est assurée par des micro-organismes anaérobies stricts qui appartiennent au domaine des Archaea. Cette dernière étape aboutit à la production de méthane.
Elle est réalisée par deux voies possibles: l'une à partir de l'hydrogène et du dioxyde de carbone par les espèces dites hydrogénotrophes,
Leur taux de croissance est plus faible que celui des bactéries acidogènes CO 2+4 H 2#CH 4+2h 2 O
Les Archaea méthanogènes sont des organismes anaérobies stricts. Elles se développent de façon satisfaisante lorsque le potentiel d'oxydoréduction par rapport à l'électrode normale à l'hydrogène (Eh) du milieu est très bas(-300 mv).
2. Les Archaea méthanogènes ont des besoins en oligo-éléments particuliers comme le fer, le molybdène, le nickel, le magnésium, le cobalt, le cuivre, le tungstène et le sélénium.
%Le reste est utilisé pour la croissance et la maintenance des micro-organismes La méthanisation joue un rôle important dans le cycle du carbone
La méthanisation est assurée grâce à l'action concertée de microorganismes appartenant à différentes populations microbiennes en interaction constituant un réseau trophique.
Ensuite, ces substrats sont utilisés lors de l'étape d'acidogenèse par les espèces microbiennes dites acidogènes,
On distingue deux groupes de bactéries acétogènes Les bactéries productrices obligées d'hydrogène, anaérobies strictes, également appelées OHPA (Obligate Hydrogen Producing Acetogens.
Elles sont capables de produire de l'acétate et de l'H 2 à partir des métabolites réduits issus de l'acidogenèse tels que le propionate et le butyrate.
L'accumulation d'hydrogène conduit à l'arrêt de l'acétogenèse par les bactéries OHPA.
Cette élimination peut être réalisée grâce à l'association syntrophique de ces bactéries avec des microorganismes hydrogénotrophes.
Les bactéries acétogènes non syntrophes dont le métabolisme est orienté majoritairement vers la production d'acétate. Elles se développent dans les milieux riches en dioxyde de carbone.
Les bactéries homo-acétogènes font partie de ce groupe elles utilisent l'hydrogène et le dioxyde de carbone pour produire de l'acétate.
Elles ne semblent pas entrer en compétition pour l'hydrogène avec les Archaea méthanogènes hydrogénotrophes
La méthanogenèse est assurée par des micro-organismes anaérobies stricts qui appartiennent au domaine des Archaea. Cette dernière étape aboutit à la production de méthane.
Elle est réalisée par deux voies possibles: l'une à partir de l'hydrogène et du dioxyde de carbone par les espèces dites hydrogénotrophes,
Leur taux de croissance est plus faible que celui des bactéries acidogènes CO 2+4 H 2#CH 4+2h 2 O
Les Archaea méthanogènes sont des organismes anaérobies stricts. Elles se développent de façon satisfaisante lorsque le potentiel d'oxydoréduction par rapport à l'électrode normale à l'hydrogène (Eh) du milieu est très bas(-300 mv).
2. Les Archaea méthanogènes ont des besoins en oligo-éléments particuliers comme le fer, le molybdène, le nickel, le magnésium, le cobalt, le cuivre, le tungstène et le sélénium.
duquel Louis pasteur découvre les microbes) ou le télescope se perfectionnent. La physique acquiert ses principales lois, notamment avec James Clerk Maxwell
et des bactéries naturelles. réf. souhaitée modifier Sur la faune et la flore Les dégâts causés par le pétrole se ressentent sur l'écosystème:
Puisque les micro-organismes peuvent être protégés de la lumière UV par de petites fissures présentes dans le support,
) 8. Les relations interspécifiques, les structure en taille et biomasse de la communauté, les relations intraspécifiques des assemblages de plantes ou microalgues en seront affectées
les bactéries thermophiles sont les premiers maillons de la chaîne. Cependant, la chaîne photosynthétique y existe tout de même,
qui se nourrissent des carnivores primaires les décomposeurs (les bactéries, champignons) qui dégradent les matières organiques de toutes les catégories
et bactéries, arrêtant ainsi la fermentation au moment voulu et assure une stérilisation du vin.
La matière organique (MO) est la matière carbonée produite en général par des êtres vivants, végétaux, animaux, ou micro-organismes.
du fait que les micro-organismes sont avides de matière organique. La détermination de la Demande Chimique en Oxygène (DCO) rend compte quant à elle de la matière organique dissoute,
pétrole et gaz naturel sont les produits de la décomposition incomplète de matière organique bactérienne, microbienne produite en milieu océanique. charbon,
lignite et tourbes sont produit le de la décomposition incomplète de végétaux terrestres, ou semi-aquatiques. modifier Utilisations pratiques
Les selles sont potentiellement porteuses de parasites (vers) et/ou de virus et germes de maladies dangereuses et/ou contagieuses dits fécaux (éventuellement thermorésistant.
de même que certains risques sanitaires (prion, virus de type grippe aviaire ou autre). De nombreuses expériences d'épandage en forêt ont été également faites dans le monde, généralement limitées en raison des risques sanitaires via les cueillettes de champignons, de baies ou via le gibier
et épuration d'eaux usées. Les streptocoques et colliformes fécaux étaient souvent jusque dans les années 1990 les premiers facteurs de mauvaise qualité.
L'apparition de la photosynthèse par les cyanobactéries remonte aux éons les plus anciens, et introduisit le dioxygène dans l'atmosphère de l'ordre de 1%(à quelques%)durant le précambrien
La microbiologie est une sous-discipline de la biologie consacrée à l'étude des micro-organismes
Les micro-organismes constituent un groupe extrêmement diversifié d'organismes microscopiques répartis dans les trois domaines du vivant (eubactérie, archée et eucaryote.
Les virus, incapables de se reproduire sans détourner la machinerie cellulaire d'un autre organisme,
La microbiologie étudie parfois leurs actions sur les micro-organismes mais n'a pas pour but de les étudier en tant qu'entités.
La taille des micro-organismes 4 La culture des micro-organismes 4. 1 Richesse du milieu 4. 2 Diversité du milieu de culture 5 La stérilisation 5. 1 La chaleur 5
Technique de suspension dilution 7 Identification des bactéries 7. 1 Critères morphologiques 7. 1. 1 Macroscopique 7. 1. 2 Microscopique 7. 1
7. 3 Critères génétiques 7. 4 Systématique bactérienne 7. 4. 1 Coques à Gram positif et catalase positive 7. 4. 2 Coque
Gram négatif 7. 4. 4 Bacille à Gram positif 7. 4. 5 Bacille à Gram négatif 7. 4. 5. 1 Oxydase négative
Les résistances aux antibiotiques 11 La croissance bactérienne 11.1 Diauxie 12 Notes et références 13 Voir aussi 13.1 Articles connexes 13.2 Liens externes
Découverte des bactéries par le microscopiste hollandais Antoine Van leeuwenhoek. 1828: Christian Gottfried Ehrenberg utilise pour la première fois le terme bactérie. 1840:
Le pathologiste allemand Jacob Henle propose une théorie des germes pour les maladies. 1857-1876:
Louis pasteur met en évidence les rôles des micro-organismes dans la fermentation lactique et alcoolique. Il développe les techniques de pasteurisation
et de stérilisation lui permettant la mise en place de cultures pures de micro-organismes. La possibilité de culture a permis de démontrer
que des maladies sont la conséquence de la présence de ces micro-organismes. Premières recherches systématiques sur l'origine de certaines maladies,
ainsi que la vaccination (connue depuis Edward Jenner pour la variole-maladie virale). 1873-1882: Robert Koch met en évidence le bacille responsable de la tuberculose (Mycobacterium tuberculosis).
) Koch a établi les règles (toujours utilisées) qui permettent de démontrer rigoureusement qu'une bactérie donnée est à l'origine d'une infection. 1884:
Hans Christian Gram développe une technique de coloration qui est utilisée la plus dans l'étude et la classification des bactéries en deux grands groupes:
les bactéries à Gram positif et celles à Gram négatif. 1912: Paul Ehrlich découvre le premier traitement efficace (dérivé d'arsenic) contre la syphilis. C'est la première fois
qu'on traite avec un agent chimiothérapeutique une maladie bactérienne. 1917: Découverte des bactériophages par Frederick Twort et Félix d'Hérelle. 1928:
Frederick Griffith découvre la transformation bactérienne et établit les fondements de la génétique moléculaire. 1929: Alexander Fleming découvre les propriétés antibactériennes de la pénicilline produite par Penicillum.
L'humanité entre dans l'ère des antibiotiques. 1944: Albert Schatz et Selman Waksman découvrent un autre antibiotique:
la streptomycine qui sera utilisée bientôt contre la tuberculose. 1960: François Jacob, David Perrin, Carmen Sanchez et Jacques Monod proposent le concept d'opéron pour le contrôle de l'expression des gènes bactériens. 1977:
Carl Woese étudie l'ARN ribosomique pour découvrir une troisième forme de vie, les Archaea, distincte génétiquement des bactéries et des eucaryotes. 1986:
En utilisant une enzyme de la bactérie Thermus aquaticus, Kary Mullis invente la technologie de PCR (Polymerase Chain Reaction).
La technique de PCR est devenue l'outil de base de la biologie moléculaire. 1995: Séquençage complet du premier génome bactérien (Haemophilus influenzae) par Craig Venter et ses collègues du TIGR.
La microbiologie entre dans l'ère de la génomique modifier Organismes étudiés modifier Les procaryotes
Les archéobactéries ou archées sont un groupe particulier, car il ne comprend essentiellement que des espèces anaérobies (n'ayant pas besoin d'oxygène,
Les archéobactéries ne sont pas que des extrémophiles, ce sont aussi des organismes plus communs
Il ne faut pas associer systématiquement archéobactéries à des organismes extrêmes même si on retrouve parmi eux la plupart des extrémophiles.
Ce sont les bactéries les plus connues. Cependant certaines eubactéries sont aussi extrémophiles. Ces micro-organismes ont des mécanismes pour résister à ces conditions
modifier Les eucaryotes Les eucaryotes ont un système membranaire interne enfermant des organites (noyau, plaste, mitochondrie...
On estime que chaque groupe d'eucaryotes a eu un ancêtre parmi les procaryotes (archéobactéries ou eubactéries),
qui aurait colonisé cette ancienne bactérie pour vivre en symbiose (endosymbiose) avec elle et former tous les eucaryotes
modifier La taille des micro-organismes Comme signalé au début, les micro-organismes sont de très petite taille (d'où leur nom
procaryotes (bactéries: de l'ordre de 0, 5 à 3 m (pour la largeur), pas de limite en longueur;
le pouvoir séparateur de l'oeil humain est de 100 m (10-4 m soit 0. 1 mm),
ces micro-organismes sont donc tous invisibles à l'oeil nu. eucaryotes: très variable de 2 à 200 m (pour la largeur), pas de limite en longueur;
à laquelle le micro-organisme se nourrit: la nourriture passe à travers la membrane plasmique, donc la vitesse d'absorption est proportionnelle à la surface,
Donc plus la bactérie est petite, plus elle va pouvoir se nourrir à grande vitesse.
modifier La culture des micro-organismes modifier Richesse du milieu Les micro-organismes ont besoin D'une source d'énergie.
Pour les chimiotrophes, elle provient de la dégradation de composés chimiques (par exemple du glucose) Pour les phototrophes, de la lumière.
pour ces micro-organismes, le peroxyde d'oxygène (H 2 O 2) formé par la réaction entre l'O 2
Il existe également des micro-organismes aérobies facultatifs capables de se multiplier en présence ou en l'absence d'oxygène grâce à leur capacité à utiliser la fermentation et des bactéries microaérophiles
qui ne se développent qu'à une certaine pression en dioxygène De facteurs physico-chimiques: Pour le facteur température, on distingue trois catégories de micro-organismes selon leur optimum de croissance.
Les psychrophiles ont leur optimum à 15°C, les mésophiles à 37°C, les thermophiles à 65°C. Il faut descendre au delà de-18°C pour arrêter toute croissance microbienne.
À 3°C il y a peu de risques lié aux bactéries pathogènes (mésophiles, donc virulentes à la température du corps) ou toxinogènes, seules quelques bactéries vivant à ces températures peuvent être dangereuses (listéria).
Pour le facteur ph, on considère que les bactéries préfèrent la neutralité excepté pour les bactéries lactiques.
Pour les levures et moisissures, le ph optimum est plus acide. ph=5) modifier Diversité du milieu de culture
On distingue deux sortes de milieux de culture Synthétiques: milieux dont on peut donner la composition chimique complète.
(qui vont permettre de sélectionner le type de micro-organismes qui pourront s'y multiplier). On peut ainsi choisir de ne laisser se développer
qu'un genre de bactérie donné (ex: milieu mfc pour les coliformes fécaux ou gélose au sang pour certains pathogènes) ou au contraire de favoriser le développement des levures-moisissures
qui consiste à éliminer les micro-organismes d'un objet et ce, de manière durable. En microbiologie, le but de la stérilisation est
d'une part maîtriser les micro-organismes introduits dans le milieu d'étude, et d'autre part éviter la contamination du milieu extérieur
et 85°C. Cette technique ne détruit qu'une partie de la flore bactérienne. Ce n'est, en aucun cas, une technique de stérilisation
Les formes sporulées des bactéries peuvent résister jusqu'à 8h30 à 100°C modifier La filtration
les micro-organismes sont trop gros pour passer et sont retenus donc par le filtre. Pour forcer ce liquide à traverser le filtre on utilise deux solutions
Dans certains cas le filtre ayant servi à stopper les micro-organismes peut être déposé sur un milieu de culture solide
et tuent les micro-organismes Les rayons ultraviolets ne sont cependant pas une bonne technique de stérilisation car ils sont non pénétrants,
De plus certains micro-organismes sont capables de réparer les dommages infligés par les ultraviolets si le produit est éclairé après application de rayons ultraviolets;
Sur un milieu de culture, il y a formation d'un monticule de bactéries ou de levures avec une forme particulière (la colonie.
"L'UFC est utilisée aussi pour le dénombrement bactérien en utilisant des cultures sur boîte à partir de tubes préparés par dilutions en cascades de la suspension bactérienne mère
L'observation macroscopique de l'aspect des colonies permet de différencier les colonies de bactéries contaminantes de celles
qu'on cherche à isoler modifier Technique de suspension dilution Cette technique sert à évaluer le nombre de microorganismes
qui se trouvent dans un milieu liquide (eau de puits, boissons, eau de piscine...ou dans un milieu solide (sol, aliments...
on en déduira la quantité approximative de bactéries dans le milieu (on considère qu'1 UFC correspond à 1 bactérie
modifier Identification des bactéries L'identification des bactéries se fait suivant une clé dichotomique qui va des caractères les plus vastes aux plus pointus pour aboutir à une espèce bactérienne donnée
modifier Critères morphologiques L'étude de la morphologie bactérienne est le premier acte effectué par un laboratoire de diagnostic pour identifier une bactérie.
L'observation de la morphologie bactérienne permet une orientation préliminaire du diagnostic modifier Macroscopique À l'oeil nu, on peut distinguer les caractéristiques d'une colonie
La forme du relief La taille La couleur L'aspect (collant, filamenteux...L'odeur La transparence L'allure des contours Il existe trois grands types de colonies
colonies de TYPE S (Smooth=lisse: contours lisse et réguliers, semi-bombée, surface brillantes, crémeuses. colonies de TYPE M (Muqueux:
Les bactéries étant en général quasiment transparentes, on commence par préparer un étalement sur lame de microscope
Les bactéries à Gram positif apparaîtront mauves alors que celles à Gram négatif apparaîtront roses. Il existe d'autres colorations,
La forme est extrêmement diverse au sein du monde bactérien. Si on excepte les bactéries dépourvues de paroi (Mycoplasmes),
qui peuvent être très polymorphes, la diversité est restreinte relativement pour les bactéries d'intérêt médical et vétérinaire.
Parmi celles-ci, on distingue principalement des formes sphériques (cocci), cylindriques (bacille), spiralées (spirille), enroulées (spirochète) à appendice bourgeonnante ou filamenteuse
modifier Mode de groupement Elles peuvent se regrouper en chaînes (Streptococcus, Enterococcus, Lactococcus...en amas asymétriques ou grappes (Staphylococcus), en amas cubiques réguliers (sarcines), en palissades ou en paquets d'épingles (Corynebacterium...
Le mode de groupement, à condition de l'apprécier sur une culture jeune effectuée en milieu liquide et de tenir compte de l'aspect prédominant,
est également un élément important pour orienter l'identification modifier Taille Les plus petites bactéries ont une taille de 0, 1 à 0,
2 micromètre (Chlamydia) alors que certaines ont un diamètre supérieur à 10 micromètres. La plus grande bactérie connue (Thiomargarita namibiensis) peut atteindre un diamètre de 750 micromètres
modifier Présence de spore Toutes les bactéries n'ont pas la possibilité de sporuler. La totalité des bacilles à Gram+sporulent en situation de stress. Pour mettre en évidence les spores au microscope optique,
il suffit de les colorer au vert de malachite ou à l'encre de chine. Mais on peut les deviner à la coloration de Gram (absence de coloration).
Les spores sont présents chez les Bacillus modifier Mobilité Les bactéries peuvent être équipées d'un
ou plusieurs flagelle (s) leur permettant de se déplacer. Pour définir le mode de déplacement des bactéries,
on parle de chimiotactisme. La bactérie évoluant dans un milieu se déplace selon des gradients de concentration pour se rapprocher de sa"nourriture
"modifier Capsule La capsule est formée de polymères (polysaccharides ou protides) disposés en couches à la périphérie de la bactérie.
Celle-ci permet à la bactérie d'adhérer aux surfaces (coloniser les surfaces) et d'échapper au système immunitaire
car les antigènes de surface sont recouverts par la capsule qui les rend indétectables (pouvoir pathogène
modifier Critères biochimiques On identifie aussi une bactérie en observant si elle utilise tel ou tel substrat.
On la met donc en contact dans un milieu de culture avec un glucide, ou un peptide,
ou d'autres substrats plus complexes. On peut révéler l'utilisation de ce substrat par virage (changement de couleur) d'un indicateur de ph
Chaque famille de bactéries a des caractères propres, on peut donc les rassembler facilement avec des caractéristiques de base comme l'utilisation du glucose avec ou sans oxygène, la réduction des nitrates, etc.
ou un genre bactérien par réhybridation spécifique de courtes séquences d'ADN (oligonucléotides amorces) synthétiques précises. les puces à ADN
mais ayant une précision allant jusqu'à la souche même. modifier Systématique bactérienne La systématique permet d'identifier une souche bactérienne inconnue grâce à différents examens et à l'utilisation de milieux de culture spécifiques
La coloration de Gram et les tests de la catalase et de l'oxydase permettent de déterminer la famille.
Famille des Micrococcaceae Genre Micrococcus Genre Staphylococcus modifier Coque à Gram positif et catalase négative
Famille des Streptococcaceae Streptocoques des groupes Lancefield A b c, D (Enterococcus), F & G modifier Coque à Gram négatif
Gram négatif regroupe les bactéries à paroi fine qui ne retienne pas le bleu de gentiane/cristal elle apparaisse au microscope optique en rose
après que l'on ajoute de la fushine (genre neisseria, par exemple modifier Bacille à Gram positif
Genre Bacillus Genre Listeria Genre Clostridium modifier Bacille à Gram négatif modifier Oxydase négative Famille des Enterobacteriaceae
Genre des Salmonella Genre des Escherichia Sérogroupage des Escherichiae Coli Sérogroupage des autres Escherichia Genre Shigella Genre Klebsiella Genre Enterobacter Genre Serratia Genre Proteus Genre
Morganella Genre Providencia Genre Hafnia modifier Oxydase positive Pseudomonas Vibrio Aeromonas modifier Les agents antibactériens
modifier Les agents physiques On peut citer les agents suivants La chaleur: à partir de 65°C, les protéines sont dénaturées,
cependant certains micro-organismes sont capables de supporter des températures plus élevées. Le ph: qu'il soit trop acide ou trop basique.
Les hautes pressions: à partir de 6 000 bars. Ainsi, c'est avec un traitement par la pression
que l'on stérilise les jus de fruits produits en industrie. L'Aw: moins il y a d'eau libre dans un milieu,
moins les bactéries pourront se développer (Staphylococcus aureus se développe à partir d'une Aw de 0, 83) Les UV:
pour une longueur d'onde voisine de 260 nm, ils détruisent tous les micro-organismes. Peu efficaces à travers les plastiques, ils sont utilisés pour stériliser l'air.
qui ont une action spécifique avec le pouvoir de limiter la prolifération de bactéries spécifiques.
leur efficacité peut être limitée également à empêcher le développement des bactéries (on parle alors d'action bactériostatique
modifier La croissance bactérienne C'est le pouvoir ou la capacité des bactéries à augmenter leur nombre;
il est en fonction du type de bactéries (thermophyles/mésophyles/pscychrophyles/pscychrotrophes/etc. Quand des bactéries sont incubées dans un milieu liquide adéquat,
elles continuent généralement à se multiplier de façon exponentielle jusqu'à ce qu'un facteur nécessaire à leur croissance approche de l'épuisement
et devienne limitant ou que des produits métabolites inhibiteurs (acides organiques, alcools, ammoniaque, etc.)s'accumulent exagérément.
En présence de deux sources de carbone, les bactéries exhibent une courbe de croissance biphasique. Ceci s'explique par la consommation de la source de carbone la plus facilement assimilable,
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